يعتبر مجلس الأمناء هو السلطة العليا المشرفة على شؤون الأوقاف ، ويتكون من ستة أعضاء يتم تعيينهم لمدة ثلاث سنوات بقرار من سمو الحاكم.

• أولاً: رسم السياسة العامة لإدارة واستثمار أموال الأوقاف.
• ثانياً: وضع النظم واللوائح الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف وتحصيلها بصفة منتظمة وصيانة أعيان الأوقاف والمحافظة عليها.
• ثالثاً: اعتماد النظم واللوائح الداخلية المتعلقة بالمسائل الإدارية والمالية.
• رابعاً: اعتماد الإيرادات والمصروفات السنوية لأموال الأوقاف وحساباتها الختامية.
• خامساً: النظر في التقارير الدورية التي يرفعها الأمين العام عن سير العمل بالأمانة.
• سادساً: النظر في كل ما يرى رئيس المجلس عرضه من المسائل التي تتعلق بنشاط الأمانة العامة.